武将替换是阵容调整的核心机制之一。游戏允许玩家根据战局需求自由更换上阵武将，但需注意替换受限于武将获取难度、培养进度以及阵容羁绊的完整性。替换操作通过布阵界面实现，点击已上阵武将即可选择替补角色，系统会自动保留原武将的等级和装备数据，无需重复培养。需部分高难度副本或竞技场玩法可能限制临战替换，需提前规划阵容。
武将替换的合理性取决于角色定位与兵种克制关系。游戏内六大兵种（盾兵、步兵、轻骑、重骑、弓手、谋士）存在相互克制，例如轻骑可突袭后排弓手与谋士，而盾兵能有效阻挡骑兵冲锋。若当前阵容对敌方兵种适应性不足，替换为克制兵种的武将可显著提升胜率。主将技能联动也影响替换决策，如刘备的匡扶汉室需搭配蜀国武将触发增益，盲目替换可能削弱阵容强度。
高星级武将因技能效果和属性成长优势，通常优先保留；而低资质武将若已投入大量突破丹和装备资源，替换可能造成浪费。建议平民玩家以系统赠送的易获取武将为核心，如刘备、黄月英、孟获等，通过真龙试炼、竞技场等稳定途径提升星级，避免频繁更换导致资源分散。部分稀有武将如黄忠、司马懿需氪金或长期积累碎片，替换前需评估获取周期。
军师与武将的协同性同样影响替换效果。军师技能如周瑜的火神需搭配弓手流派，若替换为盾兵阵容则收益大减。游戏提供水镜先生、貂蝉等免费军师，玩家可根据现有武将类型选择适配军师，而非强制替换武将。演武场等玩法会强制要求特定武将上阵，替换权限受限，需提前完成对应武将的培养。
少年三国志：零的武将替换系统兼顾策略性与灵活性，但需平衡即时战力需求与长期养成规划。合理利用游戏内的阵容预设功能，可为不同玩法保存多套方案，减少临时替换的决策压力。对于深度策略玩家，建议优先构建2-3套不同流派的成型阵容（如蜀国羁绊、吴国弓手、召唤流等），以应对多样化的战斗场景。
