击败肉山后，游戏将永久进入困难模式，世界会发生显著变化。首先需要使用肉山掉落的神圣之锤摧毁腐化之地或猩红之地的恶魔祭坛/猩红祭坛，每次摧毁祭坛都会在洞穴层随机生成新矿石。摧毁第一个祭坛解锁钴蓝矿或钯金矿，第二个祭坛解锁秘银矿或山铜矿，第三个祭坛解锁精金矿或钛金矿。这些矿石是制作高级装备的基础材料，建议优先制作钴蓝钻头或钯金钻头以提高挖矿效率，随后制作秘银砧或山铜砧用于合成更强大的武器和防具。
困难模式会新增神圣之地和地下神圣之地两种生物群落，同时腐化/猩红之地会加速蔓延，需及时用隔离带控制。怪物强度大幅提升，部分原有敌人会获得新攻击方式。建议在雪原环境利用地形优势对抗冰高仑，获取冰雪套装三件套提升生存能力。神圣之地会刷新独角兽、妖精等新敌人，击败后可获得光明之魂，用于制作神圣系列武器。地牢怪物也会强化，击败后可获得暗影之魂，是制作暗影系列装备的关键材料。
机械三王是肉山后的首要挑战目标，包括机械蠕虫、双子魔眼和机械骷髅王。它们的召唤物可通过击杀特定怪物或合成获得。击败任意机械BOSS后会掉落神圣锭，用于制作神圣套装。全部击败后，丛林会开始疯狂生长，出现世纪之花的花苞，破坏后触发世纪之花BOSS战。击败世纪之花将掉落神庙钥匙，允许进入丛林神庙挑战石巨人，并开启后续事件链。
最终阶段需击败地牢入口的拜月教邪教徒，触发四柱事件。摧毁日耀、星旋、星云、星尘四柱后，月球领主将会降临。击败它是通关的核心目标，需合理搭配装备与战斗策略。整个肉山后流程强调资源规划与渐进式挑战，玩家需根据装备强度选择合适的发展路线。
